​El sistema de seguridad está compuesto por válvulas de seccionamiento y válvulas de seguridad.  Con el objeto de proveer de un sistema de seguridad a cada tramo de sus gasoductos, Transmetano dispone de válvulas de seccionamiento equipadas con actuadores hidroneumáticos, provistos de control electrónico con cierre automático por alta y baja presión de gas y corte por velocidad de caída de presión, distribuidas a lo largo del gasoducto Sebastopol - Medellín.

Adicionalmente, la totalidad de estos equipos son monitoreados en tiempo real a través del sistema Scada del gasoducto, lo que facilita la toma de decisiones de manera inmediata.

Transmetano también tiene instaladas válvulas de corte neumáticas o válvulas de seguridad en todas las estaciones de entrega de la infraestructura de transporte, que permiten sortear cualquier situación de sobrepresión del gasoducto, mediante el corte de gas o el venteo a la atmósfera del gas en exceso que se encuentre en el sistema.